Zbor nadaljuje tradicijo Akademskega pevskega zbora v Ljubljani, ki ga je leta 1926 kot moški sestav ustanovil France Marolt. Med 1938 in 1939 je Marolt vodil tudi Ženski akademski pevski zbor. Leta 1941 je zaradi italijanske okupacije tekom 2. svetovne vojne nastopil kulturni molk. Po kulturnem molku je zbor ponovno pričel delovati leta 1946, tokrat v mešani zasedbi in pod imenom Akademski pevski zbor Tone Tomšič.

Zbor so vedno vodili priznani zborovodje: France Marolt, Radovan Gobec, Janez Bole, Lojze Lebič, Igor Lavrič, Marko Munih, Jože Fürst, Jernej Habjanič, Stojan Kuret, Urša Lah, Sebastjan Vrhovnik in Jerica Bukovec. Od oktobra 2021 zbor vodi dirigentka Rahela Durič Barić.

APZ Tone Tomšič že od svojega nastanka sodi med najpomembnejše usmerjevalce slovenskega zborovskega petja, ne samo po izvajalsko-tehnični plati, temveč tudi po svoji programski usmerjenosti. Repertoar zbora sestavljajo skladbe vseh glasbeno-zgodovinskih stilnih obdobij, posebno pozornost pa zbor posveča sodobni zborovski literaturi. APZ Tone Tomšič z naročili in natečaji spodbuja nastajanje novih skladb tako mladih kot tudi že uveljavljenih slovenskih skladateljev in z njihovimi prvimi izvedbami veča prepoznavnost slovenske zborovske ustvarjalnosti v domovini in po svetu. Zbor koncertira po vsej Sloveniji, sodeluje pri izvedbah vokalno-inštrumentalnih projektov, snema za arhiv RTV Slovenija, sodeluje s tujimi dirigenti na zborovodskih seminarjih, koncertih in festivalih. Za dosežke in zasluge na državni ravni je APZ Tone Tomšič leta 1996 prejel najvišje državno odlikovanje zlati častni znak svobode Republike Slovenije, leta 2000 plaketo glavnega mesta Ljubljana in leta 2003 zlati znak Javnega sklada RS za kulturne dejavnosti.

Zbor potrjuje svojo kakovost z odmevnimi nastopi na mnogih festivalih in tekmovanjih doma ter v tujini. Največji mednarodni uspehi APZ Tone Tomšič so zmage na prestižnih tekmovanjih Grand Prix (Tours: 1980 pod vodstvom Jožeta Fürsta, 1984 pod vodstvom Jerneja Habjaniča ter 1999 pod vodstvom Stojana Kureta; Gorica: 2001 pod vodstvom Stojana Kureta; Varna: 2001 pod vodstvom Stojana Kureta in 2007 pod vodstvom Urše Lah, Arezzo: 2012 pod vodstvom Sebastjana Vrhovnika) in osvojeni prvi nagradi na tekmovanju za Grand Prix Evrope 2002 v Arezzu pod vodstvom Stojana Kureta in 2008 v Debrecenu pod vodstvom Urše Lah.

Zbor je uspešno tekmovalno nastopal tudi v zadnjih letih in si prislužil nagrade in posebna priznanja na tekmovanjih v Riminiju, Vicu, Gorici, Mariboru, Špitalu in Varni. Z Rahelo Durič Barić je sestav na 27. slovenskem zborovskem tekmovanju Naša pesem 2022 osvojil zlato plaketo. V sezoni 2022/23 je pod njenim umetniškim vodstvom v Gallusovi dvorani Cankarjevega doma z gosti izvedel Carmino burano Carla Orffa v priredbi Reinharda Summererja ter se uspešno udeležil mednarodnega zborovskega tekmovanja v Špitalu ob Dravi v Avstriji. Na njem je osvojil prvo nagrado v kategoriji ljudske pesmi, drugo nagrado v kategoriji umetnih skladb in posebno nagrado za izvedbo sodobne skladbe. Na 28. slovenskem zborovskem tekmovanju Naša pesem 2024 je zbor osvojil absolutno prvo mesto in posebno nagrado za izvedbo Gallusove skladbe Tu ne cede malis.